持续低烧除了是由于病毒、细菌等致病微生物感染导致的炎症没有得到有效控制外，更多是一些非感染性疾病导致的。
比如甲状腺功能亢进症的患者，由于体内甲状腺激素水平增高，导致机体的新陈代谢加快，进而出现长期低烧的现象。立即给予药物控制甲状腺激素的水平，症状可缓解，体温也会恢复正常。系统性红斑狼疮、风湿性关节炎和皮肌炎等自身免疫性疾病的患者也会出现长期持续的低烧，应该给予免疫抑制控制。部分血液疾病和恶性肿瘤的患者，同样也有可能出现持续的低烧。
